阪急曽根駅は、２階建ての高架駅です。１階の北側（宝塚寄り）に券売機と改札口があり、２階にホームがあります。
２階ホームと１階の行き来には、階段、エレベーター、エスカレーターの設備があります。
エレベーターとエスカレーターは１階と２階を直接往復しています。
階段は途中で踊り場を設けています。
２階ホームは、宝塚行きと梅田行きが向かい合った対面式ですが、曽根駅は特急や急行の通過待ちをする駅ですので、 両方のホームの間と一番外側を線路が通っています。
エレベーターは各ホームの中央付近に１基ずつ、エスカレーターは各ホームの宝塚寄りに乗車用と降車用が それぞれ１基ずつあります。