大正6年（1917年）9月、全国初の結核予防法による公立療養所・大阪市立刀根山療養所として開所され、昭和4年（1929年）4月同市立刀根山病院に名称を変更。同22年（1947年）4月に当時の厚生省に移管され、日本医療団刀根山病院となりました。
　平成16年（2004年）4月に独立行政法人国立病院機構の運営になり、平成31年（2019年）4月には独立行政法人国立病院機構大阪刀根山医療センターに名称変更するとともに、結核病棟が閉棟されました。